La congregation fut fondée à Aalst le 6 mars 1817 par Constant Guillaume Van Crombrugghe, jeune prêtre âgé de 27 ans qu'était alors responsable du Collège d'Aalst.
Son milieu familial, l'influence de son éducation secondaire chez les Pères de la Foi, au collège d'Amiens ainsi que l'atmosphère tendue d'une période historique tourmentée dans ce qui deviendra quelques années plus tard la Belgique, ont marqué le jeune abbé. Il s'engagera dans la défense des libertés de culte et d'enseignement dès que la Belgique obtiendra son indépendance vis à vis des Pays Bas en 1830. Il reçut une éducation chrétienne dans sa famille dès son plus jeune âge et cela l'aida à être attentif aux personnes démunies et laissées pour compte.
Il devint prêtre du diocèse de Gand et exerça son apostolat dans différentes paroisses et collège de Flandre avant de devenir chanoine à la cathédrale de Gand. C'est là qu'il s'éteindra en 1865.
Tout au long de sa vie, il sera fortement marqué par la miséricorde que Dieu manifeste à chaque être humain et par la réponse que le chrétien, enraciné dans le monde où il vit, peut donner à Dieu.
La famine et la misère qui sévirent en Flandre en 1817 l'affectèrent profondément. Avec une dame d'Aalst, Colette De Brandt, il fonda des ateliers écoles pour les pauvres. Outre l'apprentissage de la dentelle, les jeunes filles y reçurent uneformation de base et une éducation chrétienne.

Le jeune abbé a l'intention de fonder à partir de ce groupe de jeunes filles une congrégation religieuse qui sera d'abord congrégation diocésaine puis deviendra congrégation de droit pontifical.
L'abbé, lors de ses nominations qui l'amenèrent entre autres à Mouscron, trouve là une association pieuse de demoiselles qui joindront la congrégation au début des années 1830. Ces nouveaux membres sont des enseignantes qualifiées et permettront rapidement au jeune institut d'avoir des fondations dans de nouveaux endroits, Mouscron, Mechelen, Bruxelles.
Assez vite, une branche de la congrégation prend davantage en charge les jeunes filles de la classe moyenne pour relever le niveau de leur éducation, tant religieuse qu'académique, tandis qu'une autre se consacre aux personnes démunies et délaissées, les vieillards, les orphelins, les enfants de la classe ouvrière.
A la fin de sa vie, le chanoine C.G. Van Crombrugghe est fondateur et père spirituel de trois congrégations féminines, les Filles de Marie et de Joseph, dites Dames de Marie, les Sœurs de Saint Joseph, les Sœurs de Marie et Joseph et d'une congrégation masculine, les Joséphites.
Les quatre congrégations reçoivent comme charisme cet appel à "être des instruments de miséricorde dans la main de Dieu", à s'engager "dans une dévotion sans borne à Jésus Christ, son Eglise, tous les êtres vivants".
Les "Dames de Marie" ouvriront des écoles primaires et secondaires à Aalst, Mouscron, Mechelen et Bruxelles.
Le fondateur a insisté sur l'importance de pouvoir s'adapter aux besoins spécifiques d'une époque et d'un lieu plus précis; les religieuses chercheront donc à diversifier leur enseignement pour mieux former leurs élèves à occuper une place significative dans leur famille et dans leur pays.
La congrégation se développe rapidement au cours du XIXe siècle et dans la première moitié du XXe. Des sœurs partent de Belgique vers l'Angleterre dès la fin du XIXe et, plus tard, vers l'Afrique et l'Amérique latine.
A l'appel du concile Vatican II, plusieurs sœurs de Belgique se sont engagées dans des apostolats différents de ceux des écoles, dans les paroisses, auprès des populations immigrées, auprès de personnes victimes de trafic humain.